2022年2月，首都医科大学附属北京胸科医院车南颖教授团队在MicrobiologySpectrum杂志发表了《扩增子测序技术在FFPE标本中诊断耐药结核的应用价值研究》（Application of amplicon-based targeted NGS technology for diagnosisof drug-resistant tuberculosis using FFPE specimens）。该论文的第一作者为首都医科大学附属北京胸科医院病理科宋婧、杜伟丽及刘子臣，通讯作者为车南颖。

本研究团队建立的扩增子测序技术可以检测FFPE标本中结核分枝杆菌的耐药基因突变，开辟了病理学诊断耐药结核病的NGS新技术途径，在菌阴肺结核和肺外结核的耐药诊断中具有良好的临床应用价值。

结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis, MTB）耐药表型的产生主要由染色体上某些基因突变引起。WHO推荐的Xpert MTB/RIF只能检测与利福平耐药相关的rpoB基因上的突变位点。全基因组测序（whole-genome sequencing, WGS）能一次性检测到MTB基因组上所有的突变位点，但依赖MTB培养。靶向扩增子测序技术（amplicon-based targeted next-generation sequencing）重点关注MTB基因组上与耐药相关的基因区域或突变位点，采用多重PCR技术能迅速完成对靶基因片段上常见或罕见基因突变位点的扩增和检测，具有成本低、容易操作、通量高、检测周期短和不依赖MTB培养等优点。

病灶是MTB生长、繁殖的场所，因此也是诊断菌阴肺结核和肺外结核耐药性的重要临床标本。石蜡包埋组织（Formalin fixed paraffin embedded, FFPE）标本具有保存时间长、成本低、无传染性等优点。但是FFPE标本中DNA降解程度较高，且宿主DNA含量高、MTB DNA含量极低，相比直接从痰或细菌培养物等标本检测MTB耐药基因突变，其检测难度大大提高。

本团队自主研发了针对FFPE标本的检测MTB耐药基因突变的靶向扩增测序技术。研究结果表明，靶向扩增测序技术在诊断一线抗结核药物利福平和异烟肼的敏感性分别为96%和94%，诊断二线抗结核药物敏感性差异较大，从卷曲霉素的24%到链霉素的87%；该技术对所有抗结核药物的特异性均达到95%及以上。鉴于靶向测序技术在FFPE标本中诊断耐药结核的优越表现，该技术可用于进一步提高菌阴肺结核和肺外结核耐药性诊断的阳性率。